وإذكاء لروح الاجتهاد المستنير وإشاعة لقيم الاعتدال والوسطية والتسامح التي جبل عليها المجتمع التونسي وحمل رايتها جامع الزيتونة المعمور أكثر من ثلاثة عشر قرنا، أذن الرئيس بن علي بتنظيم دروس في مختلف مجالات الشؤون الدينية لاسيما فيما يتعلق بالعقيدة والفقه.

وإيمانا برسالة الزيتونة الحضارية أذن الرئيس بن علي سنة 1996 بتنظيم احتفالات كبرى بمناسبة مرور 13 قرنا على تأسيسها وألقى بالمناسبة خطابا أكد منزلة الزيتونة في تونس وفي العالم الإسلامي وقال بالخصوص : "لقد كان جامع الزيتونة كما قال حسن حسني عبد الوهاب، أسبق المعاهد التعليمية للعروبة مولدا وأقدمها في التاريخ عهدا، حمل مشعل الثقافة العربية الإسلامية 13 قرنا بلا انقطاع ولا انفصام في بلاد يشهد التاريخ أن الإسلام لم يكن فيها عنصر فرقة أو فتنة وأشع منها على سائر بلاد المغرب العربي والأندلس غربا وإلى ما وراء الصحراء الإفريقية جنوبا وإلى صقلية وإيطاليا شمالا فكان واسطة العقد بين الجامع الأزهر في مصر وجامع القرويين بفاس الذي بنته فاطمة الفهرية القيروانية ومنارة في علوم النقل والعقل، انضافت يوم تأسست إلى أول الجامعات العلمية الإسلامية بإفريقية جامع عقبة بن نافع بالقيروان".